Il percorso di visita del Museo si sviluppa in diverse sale disposte su quattro livelli che accolgono opere, soprattutto pittoriche, reperite nel tempo attraverso lasciti e acquisti.
Al pianterreno, dal 2018, è collocata una mostra semi-permanente sul pittore jesino Domenico Luigi Valeri, uno dei più produttivi e qualitativi del Settecento marchigiano. Le altre sale sono utilizzate per esposizioni temporanee.
Al primo piano è allestita la vera Galleria della fondazione, con quadri che vanno dal XVI al XVIII secolo. Al secondo piano sono opere del '900 di artisti marchigiani fra i quali Ezio Bartocci, Raul Batocco, Adolfo De Carolis, Edmondo Gluliani e Orfeo Tamburi. Nel sottosuolo è il Caveau con la Collezione numismatica e l'Archivio storico con la Biblioteca. Il museo vanta diverse opere, soprattutto pittoriche, che vanno dal XVI al XVIII secolo. Oltre a quelle numerose di Domenico Luigi Valeri, spiccano:
- Salvator Mundi, Guercino, olio su tela, 1640 ca, 110 x 92 cm;
- Le Filatrici, Francesco Bassano, olio su tela, 1580 ca, 90 x 119 cm;
- I Cinque Sensi, Carlo Cignani, olio su tela, inizi XVIII secolo, 118 x 170 cm;
- Transito di San Giuseppe, Giovanni Andrea Lazzarini, olio su tela, XVIII secolo, 223 x 108 cm;
- Crocifissione, Filippo Bellini, olio su tela, XVI-XVII sec., 230 x 141 cm;
- Vergine col Bambino e i Santi Vito e Francesco, Marco Benefial, olio su tela, XVIII secolo, 285 x 185 cm;
Galleria di immagini
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Uno scorcio delle sale