La collocazione del Teatro, in una delle piazze più belle e importanti della città (Piazza della Repubblica), è di per sé indicativa della centralità della tradizione teatrale nella storia cittadina. Già nel 1728 il pittore e architetto jesino Domenico Valeri aveva costruito il Teatro del Leone, uno dei primi Teatri della Marche. Presto però gli jesini si lamentarono della sua scomodità e mancanza di eleganza oltre che del rischio di incendi, essendo costruito totalmente in legno. Pertanto, nel 1790, 54 nobili jesini riuniti in una società di condomini commissionarono il progetto del nuovo Teatro, originariamente denominato “della Concordia”, all’architetto fanese Francesco Maria Ciaraffoni (1720 - 1802), conosciuto a Jesi, perché aveva progettato parte del convento di S. Floriano.
Tale progetto venne in seguito rivisto e modificato dall’architetto Cosimo Morelli, noto per aver progettato alcuni dei più innovativi teatri italiani dell’epoca.
L'area designata per la costruzione era allora occupata da numerose botteghe e dai pubblici macelli e denominata “Piazza della Morte” per essere il luogo ove avvenivano le esecuzioni capitali. Posta la prima pietra nel 1790, il Concordia fu finalmente inaugurato nel carnevale del 1798, non alla presenza dei nobili del condominio, ma delle autorità militari napoleoniche. Per l'occasione furono rappresentate le opere in musica La Capricciosa corretta e Il Principe Spazzacamino, cantate dal soprano pesarese Anna Guidarini, madre di Gioacchino Rossini.
La curva scenica è a forma ellittica con tre ordini di palchi e loggione. Le opere interne furono dirette dal prestigioso architetto Giovanni Antonio Antolini, che affidò ad un altro celebre artista bolognese Felice Giani e all'ornatista Gaetano Bertolani la pittura del plafone con gli otto riquadri delle Storie di Apollo e il cerchio di puttini danzanti inframmezzati da mascheroni.
Il ridotto del Teatro presenta decorazioni alle pareti con paesaggi e rovine probabilmente opera di Luigi Lanci, già attivo a Jesi nel Santuario delle Grazie. Il ridotto ospita attualmente le sale Pergolesiane, dove un’esposizione permanente offre un primo approccio al celebre compositore nato a Jesi nel 1710.
Nel 1850 il pittore jesino Luigi Mancini dipinse il telone del sipario raffigurando L'ingresso di Federico II a Jesi nel 1216.
Nel 1893 venne collocato sulla sommità della facciata esterna un fastigio con orologio, circondato da due aquile e cornucopie dell'abbondanza, dono del principe austriaco Massimiliano Beauharnais giunto in visita alla città.
La facciata, opera in prevalenza del Morelli, ha un impianto neocinquecentesco caratterizzato da un alto basamento con un motivo ad arcate, balcone centrale e finestre a timpano nel piano nobile.
Il foyer del teatro, in stile neoclassico, termina in una nicchia che conserva un busto di Giambattista Pergolesi, realizzato nel 1910 dall'artista Rescaldani, e un altro di Gaspare Spontini del noto scultore J. Pradier (1792-1852).
Nel 1883 il teatro cambiò nome, perdendo quello originale della Concordia e assumendo quello del musicista jesino Giambattista Pergolesi.
Per la sua importanza storica e artistica, nel 1968 ha ottenuto il riconoscimento statale di "Teatro di Tradizione", primo nelle Marche e tuttora unico, a livello nazionale, in città non capoluogo.
Dal 2002 il Teatro G.. B. Pergolesi viene gestito dalla Fondazione Pergolesi Spontini.